Drugie dziecko Stanisława (organisty miejscowego koscioła)
i Julianny (z d. Karp) Wyszyńskich urodzone nad Bugiem na pograniczu Podlasia i Mazowsza. W 1910 rodzina przeniosła się do Andrzejewa, gdzie umarła matka. Przed smiercia prosiła syna: "Stefanku ubieraj się". Młody chłopiec zakłada palto, myslac, że matka chce kogoś zawołać. Lecz ona odpowiada: "Ubieraj się, ale nie tak". Ojciec tłumaczył mu, że chodziło jej o ubranie duszpasterskie, czyli o przyjęcie służby Bożej. W latach 1912-1915 uczeń renomowanego Gimnazjum warszawskiego im. Wojciecha Górskiego. Z powodu wojny, dalsza naukę kontynuował w Gimnazjum łomżyńskim. W latach 1917-1920 uczeń Liceum włocławskiego im. Piusa X (Niższe Seminarium Duchowne). W latach 1920-1924 kleryk Wyższego Seminarium Duchownego we Włocławku, po którym otrzymał swięcenia kapłańskie z rak bpa W. Owczarka.

      W latach 1925-1929 student Wydziału Prawa Kanonicznego Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, który ukończył z doktoratem na temat "Prawa rodziny, Kościoła i państwa do szkoły". Od 1932 pełnił obowiązki redaktora naczelnego miesięcznika włocławskiego "Ateneum Kapłańskie", kierując jednocześnie sodalicją mariańską, prowadził chrześcijański uniwersytet robotniczy i działalność społeczno-oświatową w chrześcijańskich związkach zawodowych. Po wybuchu II wojny światowej z polecenia bpa Michała Kozala ukrywał się przed gestapo. W okresie powstania warszawskiego kapelan Grupy AK Kampinos (działającej m.in. w Laskach), oraz szpitala powstańczego pod pseudonimem Radwan III.